高氨氮廢水的危害主要包括以下幾個方面：
一方面，廢水中的氨氮是水富營養化和環境污染的重要物質，容易導致藻類和其他微生物在水中大量繁殖。自來水處理廠運行困難，導致飲用水異味。在嚴重的情況下，水中的溶解氧會減少，大量的魚會死亡，甚至導致湖泊干涸和滅絕。 另一方面，氨氮也會增加給水消毒和工業循環水消毒過程中的氯消耗；腐蝕某些金屬（銅）；再生水中的氨氮可促進輸水管道和水設備中微生物的繁殖，形成生物，堵塞管道和水設備，影響熱交換效率。 其次，在硝化細菌的作用下，氨被氧化為亞硝酸鹽和硝酸鹽。硝酸鹽通過飲用水誘發嬰兒高鐵血紅蛋白，而亞硝酸鹽水解產生的亞硝胺具有很強的致癌性，直接威脅人類健康。
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